| Administrations civiles | 1106-1792 | Série C | Rattachement à l’état des fonds des Archives | | Panier |
| Préfecture impériale de Haguenau (Landvogtey). | 1106-XVIIIe s. | C 1-102 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | recordgrp | Panier |
| Guerre, défense et sûreté publique. | 1373-1635 | C 3-9 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Sous-fonds | Panier |
| Affaires concernant les progrès de la Réforme à Haguenau. | 1563-1624 | C 5 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Guerre de Trente ans. | 1618-1635 | C 6-9 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Série organique | Panier |
| Invasion de l'Alsace et occupation de Haguenau par les troupes de Mansfeld. | 1618-1627 | C 6-8 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Sous-série organique | Panier |
| Convention entre les plénipotentiaires de Mansfeld et le magistrat de Haguenau ; correspondance de Mansfeld avec les villes de Landau et Wissembourg pour contributions de guerre ; commencements d'une instruction judiciaire contre les partisans de Mansfeld. | 1618-1622 | C 6 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Commissions d'enquête instituées par l'archiduc Léopold après le rétablissement de l'ordre pour juger les partisans de Mansfeld. | 1623-1627 | C 7-8 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Groupe de dossiers | Panier |
| Travaux des commissions d'enquête instituées par l'archiduc Léopold après le rétablissement de l'ordre pour juger les partisans de Mansfeld en 1623 et 1624. | 1623-1624 | C 7 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Travaux des commissions d'enquête instituées par l'archiduc Léopold après le rétablissement de l'ordre pour juger les partisans de Mansfeld en 1624 et application des peines émises. | 1624-1627 | C 8 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Dissentiments avec le colonel d'Ossa ; affaires de fourniture pour la cavalerie ; curage de la Moder pour transport de céréales et d'artillerie ; contributions pour les fortifications de Drusenheim ; levée d'hommes et logements militaires. | 1629-1635 | C 9 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Personnel de la Préfecture. | 1437-XVIIIe siècle | C 10-27 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Sous-fonds | Panier |
| Nomination et rémunération des préfets (landvogts), sous-préfets (unterlandvogts) et employés de la Préfecture. | 1437-XVIIIe siècle | C 10-22 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Série organique | Panier |
| Préfets et sous-préfets. | 1437-XVIIIe siècle | C 10-15 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Sous-série organique | Panier |
| Nominations des préfets et sous-préfets. | 1437-1616 | C 10 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Nominations et installations des sous-préfets. | 1439-1631 | C 11-13 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Groupe de dossiers | Panier |
| Sous-préfets nommés entre 1588 et 1614. | 1588-1614 | C 12 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Sous-préfets nommés entre 1615 et 1631. | 1615-1631 | C 13 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Installations de préfets sous la Maison d'Autriche. | 1600-XVIIIe siècle | C 15 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Le "Schultheissenamt", ou charge de Prévôt impérial à Haguenau. | 1472-1636 | C 16 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Conseillers de la Préfecture. | 1546-1636 | C 17 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Receveurs généraux de la Préfecture. | 1471-1632 | C 18-19 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Sous-série organique | Panier |
| Receveurs généraux nommés entre 1598 et 1632. | 1598-1632 | C 19 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Receveurs particuliers de la Préfecture. | 1603-1620 | C 20 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Contrôleurs, procureurs, avocats et agents inférieurs, tels que sergents, valets et messagers. | 1481-1626 | C 21 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Forestiers et maîtres des eaux et forêts. | 1577-1624 | C 22 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Demandes d'emploi de toute nature et recommandations accordées par les seigneurs à des clients ; nominations des avocats et procureurs de la Chambre de Spire. | 1548-1635 | C 23 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Gratifications sollicitées par les employés de la Préfecture. | 1608-1636 | C 24 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Modèles pour la correspondance administrative. | 1586-1614 | C 26-27 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Série organique | Panier |
| Pièces concernant le style épistolaire à observer par les officiers de la Préfecture. | 1586-1614 | C 26 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec la Décapole. | 1340-XVIIIe siècle | C 28-49 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Sous-fonds | Panier |
| Relations de la Préfecture avec la ville de Haguenau. | 1374-1634 | C 28-34 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Série organique | Panier |
| Privilèges accordés à la ville de Haguenau. | 1374-1630 | C 28 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Affaires civiles et criminelles de la ville de Haguenau. | 1481-1634 | C 29 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec la ville de Landau. | 1340-1630 | C 35 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec la ville de Wissembourg. | 1343-1632 | C 36-38 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Série organique | Panier |
| Avouerie de Wissembourg ; péage de Landau et foire de Wissembourg ; litige avec l'abbaye de Stürtzelbronn ; justification du magistrat pendant la guerre de Trente ans, concernant ses relations avec le comte de La Susse, général français. | 1531-1632 | C 38 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec la ville de Rosheim. | 1481-1631 | C 40-41 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Série organique | Panier |
| Charge de prévôt et sous-prévôt de Rosheim ; collonge de l'Evêque de Strasbourg à Rosheim et litige pour glandage avec le fermier de Gutenhausen ; affaires civiles et criminelles. | 1481-1626 | C 40 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Procès criminel intenté à Ulric Tretsch, bourgeois de Rosheim, pour adultère et sorcellerie. | 1628-1631 | C 41 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec la ville d'Obernai. | 1452-1653 | C 39 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec la ville de Sélestat. | 1458-1632 | C 42 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec la ville de Kaysersberg. | 1453-XVIIIe siècle | C 43 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec la ville de Turckheim. | 1485-1632 | C 44 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec la ville de Colmar. | 1371-1638 | C 45 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec la ville de Munster. | 1466-1653 | C 46 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec la ville de Mulhouse. | 1469-1655 | C 47-49 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Série organique | Panier |
| Mémoire sur Mulhouse et sur la nature des fiefs d'Alsace, présenté par les officiers de l'archiduc Sigismond d'Autriche à Charles le Téméraire, duc de Bourgogne ; affaires d'impositions ; conflits de juridiction entre Mulhouse et les Régences d'Ensisheim et de Brisach, pour envahissement de ban, affaires forestières et de chasse. | 1469-1601 | C 47 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Attitude de la ville de Mulhouse pendant les troubles de Mansfeld. | 1622-1637 | C 48 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Litige entre Mulhouse et le Sieur de Rosen pour la propriété de Brunnstadt ; correspondance avec des fonctionnaires suédois et avec les Cantons suisses, protecteurs de Mulhouse ; discussions entre le Conseil souverain de Brisach et la ville de Mulhouse pour le paiement des impôts. | 1622-1655 | C 49 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la préfecture avec les villages impériaux. | 1410-XVIIIe s. | C 50-53 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Sous-fonds | Panier |
| Droits des prévôts impériaux de Kuttolsheim, Soufflenheim, Surbourg et Wingersheim. | 1510-XVIIIe s. | C 50 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Généralités sur l'administration et les privilèges des divers villages dépendant de la Préfecture impériale de Haguenau ; relations de la Préfecture avec le village de Batzendorf. | 1530-XVIIIe s. | C 51 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec les villages de Bischwiller, Bitschhoffen et de Dangolsheim. | 1480-1630 | C 52 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec les villages d'Erpach, Forstheim, Gunstett, Surbourg, Kuttolsheim, Mommenheim, Morschwiller-le-Bas, Ohlungen, Rottelsheim, Rumersheim, Schwabwiller, Uhlwiller et Wingersheim. | 1410-XVIIe s. | C 53 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Fiefs castrenses. | 1502-XVIIIe s. | C 54 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec différentes familles nobles. | 1412-XVIIIe s. | C 55-61 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Série organique | Panier |
| Relations de la Préfecture avec les comtes de Hanau-Lichtenberg. | 1466-1614 | C 55 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec les seigneuries et châteaux de Flexbourg, Hohenbourg, Langensoultzbach et La Petite-Pierre. | 1412-XVIIIe s. | C 57 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec les châteaux de Hattwiller, du Drachenfels et de Landstuhl. | 1437-XVIIIe s. | C 58 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Dossier relatif à la curatelle de la veuve de Jean-Frédéric de Sickingen. | 1651-XVIIIe s. | C 59 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec les comtes de Nassau et les familles de Mullenheim, Linange-Westerbourg, Fleckenstein, Ribeaupierre, Wilsperg, Hanau, Falckenstein et Lichtenberg. | 1447-XVIIIe s. | C 60 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec les familles de Mullenheim, Fleckenstein, Ribeaupierre, Wickersheim, Kageneck, Liesch de Hornau, Prechter et Dürckheim et Wurmser. | 1552-1631 | C 61 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec les seigneurs d'Allemagne, au-delà du Rhin et dans le Palatinat. | 1444-1638 | C 62 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec le magistrat de Strasbourg, avec l'hôpital de Strasbourg et avec la famille de Geroldseck. | 1410-1604 | C 63 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec les établissements religieux. | 1106-XVIIIe s. | C 64-73 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Série organique | Panier |
| Relations de la Préfecture avec la Cour de Rome et avec l'évêché de Strasbourg. | 1347-1630 | C 64 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec le Grand-Chapitre de la cathédrale de Strasbourg et avec le chapitre de Neuwiller. | 1502-1624 | C 65 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec les chapitres de Klingenmünster, de Notre-Dame de Landau, de Seltz, de Surbourg et de l'évêché de Spire. | 1369-1631 | C 66 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec l'abbaye et le chapitre de Wissembourg. | 1367-1628 | C 67-70 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Sous-série organique | Panier |
| Relations de la Préfecture avec l'abbaye et le chapitre de Wissembourg entre 1482 et 1628. | 1482-1628 | C 70 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec la cure de l'église Saint-Georges de Haguenau, la cure de l'hôpital de Haguenau, les couvents des Augustins, des Déchaussés, des Pénitentes et les couvents de Sainte-Marie et de Saint-Guillaume à Haguenau, les pères jésuites à Haguenau, l'abbaye de Schwarzach, l'abbaye de Sturzelbronn, l'abbaye de Sainte-Walpurge et la Chartreuse de Strasbourg. | 1106-XVIIIe s. | C 71 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec la commanderie de l'Ordre teutonique de Dahn près d'Oberbronn, avec la commanderie de l'Ordre Saint-Jean de Jérusalem à Worms et avec l'hôpital de Stephansfeld. | 1548-1637 | C 72 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Relations de la Préfecture avec le chapitre de Saint-Martin et les églises de Colmar et avec l'abbaye de Munster. | 1473-1631 | C 73 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Affaires de police et affaires judiciaires. | 1474-1647 | C 74-77 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Sous-fonds | Panier |
| Règlements de police. | 1546-1623 | C 74 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Affaires criminelles et délits. | 1481-1630 | C 75-76 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Série organique | Panier |
| Affaires criminelles et délits jugés entre 1601 et 1630. | 1601-1630 | C 76 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Affaires civiles. | 1474-1647 | C 77 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Les Juifs de la Préfecture. | 1448-1658 | C 78 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Dettes et capitaux affectés sur la Préfecture. | 1452-1629 | C 79 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Moulins et postes. | XVIe s.-XVIIIe s. | C 80 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Revenus de la préfecture et impositions. | 1422-1632 | C 81-85 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Sous-fonds | Panier |
| Corvées à faire par les communautés de la Préfecture ; droit de sauf-conduit ; péage de Châtenois ; contributions et impositions ; droit d'hospitalité ; greniers à sel ; droits de succession ; droits d'Umgeld sur les vins ; prix et vente des grains. | 1466-1630 | C 81 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Confiscations de biens et amendes judiciaires ; subsides contre les Turcs ; rentes foncières de la Préfecture ; contribution extraordinaire pour les fortifications et les bâtiments ; exemption des droits de péage. | 1485-1631 | C 82 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Taille d'Empire payée par les villes de la Préfecture. | 1422-1632 | C 83-85 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Série organique | Panier |
| Taille d'Empire payée par les villes de la Préfecture entre 1609 et 1632. | 1609-1632 | C 85 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Bâtiments publics. | 1476-1628 | C 86 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Affaires forestières. | 1349-1715 | C 87-89 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Sous-fonds | Panier |
| Affaires de droit de chasse, droits d'usages forestiers, de nomination de forestiers et de délits forestiers. | 1349-1630 | C 87-88 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Série organique | Panier |
| Affaires de droit de chasse, droits d'usages forestiers, de nomination de forestiers et de délits forestiers entre 1575 et 1630. | 1575-1630 | C 88 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Litiges et plaintes divers relatifs aux forêts de Haguenau et de Mellringen. | 1436-1715 | C 89 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Comptabilité de la Préfecture. | XVe s.-XVIIe s. | C 90-99 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Sous-fonds | Panier |
| Reliquat de comptabilité et de quittances. | XVe s.-XVIIe s. | C 92 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Correspondance et comptes des receveurs Emmerich, Ritter, Imhof, Stemmler et Schmeltzer avec pièces justificatives. | 1479-1617 | C 93-96 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Série organique | Panier |
| Comptabilité des receveurs de la Préfecture entre 1557 et 1617. | 1557-1617 | C 96 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Comptes de Cleebourg, Châtenois, Barr et Haguenau. | XVe s.-XVIe s. | C 98 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Supplément aux comptes. | 1449-1622 | C 99 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Affaires litigieuses. | 1438-1624 | C 100 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Archives (titres anciens) de la Préfecture. | 1320-XVIIIe s. | C 101-102 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | | Panier |
| Recherche et enlèvement de titres concernant la Préfecture impériale de Haguenau et les bailliages de Germersheim et de Seltz ; pièces relatives à divers engagements consentis par les comtes palatins et les princes d'Autriche. | 1354-XVIIIe s. | C 101 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Inventaire du fonds de la Préfecture impériale de Haguenau, ou répertoire sommaire des documents recueillis dans les archives d'Innsbruck, et concernant l'Alsace ainsi que le Sundgau, daté de 1763 ; pièces supplémentaires n'ayant pas trouvé leur place dans les autres parties du fonds de la Préfecture. | 1320-1763 | C 102 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Pièce (registre) | Panier |
| Régence autrichienne d' Ensisheim. | 1440-XVIIIe s. | C 103-133 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | recordgrp | Panier |
| Guerre, défense et sûreté publique. | 1564-1632 | C 103-116 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Sous-fonds | Panier |
| Traités et alliances. | 1564-1603 | C 103-107 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Série organique | Panier |
| Exécution du traité de Landsberg conclu en 1556 et du traité de Strasbourg conclu en 1580. | 1564-1603 | C 103-104 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Sous-série organique | Panier |
| Mesures de sûreté publique adoptées à la suite du traité de Strasbourg entre 1582 et 1603. | 1582-1603 | C 104 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Dossier (liasse) | Panier |
| Conventions de défense et renouvellement du traité de Strasbourg de 1580. | 1583-1603 | C 105-107 | Rattachement à l’état des fonds des Archives | Sous-série organique | Panier |