Le 24 juin 1790, le dernier Intendant d’Alsace, Antoine Chaumont de La Galaizière (1759-1846) reçoit ainsi du Garde des Sceaux l'ordre de préparer la remise des archives de l’ancienne province aux nouvelles administrations. Les instructions particulières qui suivent cet ordre prescrivent la plus grande prudence dans le tri des documents à remettre aux nouvelles administrations, ainsi que le souci de conserver les preuves d'une bonne gestion, par crainte d'une chasse aux sorcières. A l’automne, la répartition des documents est achevée : tandis que plusieurs centaines de liasses sont envoyée à Paris, les Directoires des départements du Bas-Rhin, du Haut-Rhin, du Doubs, des Vosges, de la Meurthe et de la Moselle reçoivent les dossiers concernant les localités appartenant désormais à leurs circonscriptions respectives.

Le 7 mai 1791, obéissant à un arrêté ministériel, Jean-Daniel Papelier, toujours en poste, remet au Directoire du Bas-Rhin les archives anciennes qu’il conservait sous sa garde. Un nouveau partage a lieu entre les deux départements du Haut-Rhin et du Bas-Rhin, le Haut-Rhin obtenant notamment les archives de la Régence autrichienne d'Ensisheim et les archives rapportées d'Innsbruck par le commissaire Kau en 1763.

Les archives ainsi remises au Directoire du Bas-Rhin connaissent une destinée aléatoire jusqu'à la création d'un service spécialisé. La loi du 7 messidor an II (25 juin 1794) ordonne le triage des titres : ne doivent être conservées que les pièces considérées comme "monuments historiques" et permettant de définir les droits de la Nation. Les autres pièces doivent être détruites, les parchemins envoyés aux arsenaux pour fabriquer des gargousses d'artillerie. Le manque de personnel et les soucis politiques et militaires font heureusement obstacle à l'application de ces directives.

Par la loi du V Brumaire an V (26 octobre 1796) qui « ordonne la réunion dans les chefs-lieux de département, de tous les titres et papiers acquis à la République », est créé un service d’archives dans chaque département. En ce qui concerne le Bas-Rhin, ces « titres et papiers » regroupent les archives de l’ancienne Intendance d’Alsace, des fonds ecclésiastiques, principalement d’origine  épiscopale et abbatiale, ainsi que les fonds des administrations seigneuriales supprimées.

En 1805, une réorganisation des locaux de l’ancien hôtel de l’intendant, où étaient installées depuis 1790 les autorités départementales ainsi que les archives, obligent l’administration à trouver un nouveau lieu de conservation pour ces dernières. Le préfet Henri Shée (1739-1820) reçoit alors de la ville de Strasbourg l’autorisation de déménager les fonds dans l'ancien grenier à grain (Kornspeicher), bâtiment construit en 1441 et situé sur l’actuelle place dite du Petit-Broglie. C’est également à cette époque qu’est présenté par le préfet Shée, pour répondre à une enquête du comte de Montalivet (1766-1823), ministre de l’Intérieur, le premier tableau sur "l’état des archives du département du Bas-Rhin", ainsi qu’une cartographie des dépôts d’archives du territoire, situés à Wissembourg, Haguenau, Saverne, Molsheim et à Barr et Sélestat.