L’application des directives archivistiques allemandes, en lieu et place des directives françaises, influence le contenu mais également le cadre de classement des documents. Les Archives départementales du Bas-Rhin, comme celles du Haut-Rhin et de la Moselle, ne sont ainsi pas concernées par diverses mesures prescrites en France, comme celle du classement des papiers de la période révolutionnaire (circulaire de 1874) ou le dépôt légal des journaux (circulaire de 1887). En revanche, ces services bénéficient de dispositions prises par les autorités allemandes et que la France n’a adoptées que plus tardivement, telles que le versement des minutes anciennes des notaires, décidé en 1873, le versement des archives judiciaires, décidé en 1887, la nationalisation de la fonction d’archiviste, établie en 1889 ou encore, le principe de la cotation en continu.

Cette période voit également l’installation des Archives départementales du Bas-Rhin dans un nouveau bâtiment, de style néoclassique, réalisé par l’architecte Maximilian Metzenthin, et situé à l’angle de la rue Fischart et de l’avenue de la Forêt Noire. Partie intégrante du programme d’aménagement architectural et urbanistique de la Neustadt, qui englobe les quartiers de l’Université et de Saint-Maurice, ainsi que de la politique patrimoniale et culturelle du Deuxième Reich, laquelle a également présidé à la naissance de la Bibliothèque Nationale et Universitaire de Strasbourg, la construction du bâtiment de la rue Fischart est entreprise en 1890. Ce projet d’édification qui, fait rare pour l’époque, est dès sa conception prévu pour héberger des collections archivistiques et a dû ainsi respecter diverses dispositions en matière de conservation, est pourvu par les autorités du Bezirk Unterelsass – équivalent allemand du département du Bas-Rhin – d’une somme de 500 000 Marks, produit d’un emprunt dont les dernières annuités sont réglées en 1918. Les fonds quittent finalement le magasin des tabacs et sont transférés vers leur nouveau dépôt durant l’année 1896.