Lors de la reddition de la ville badoise de Brisach (aujourd’hui dite Vieux-Brisach ou Breisach am Rhein) en décembre 1638, le vainqueur, le duc Bernard de Saxe-Weimar (1604-1639) reçoit en effet, au nom de son roi Louis XIII, l’ensemble des documents de l’administration des Pays antérieurs d'Autriche, alors réfugiée dans la place. Dix ans plus tard, en 1648, l’Alsace, en vertu du traité de Westphalie, passe dans le giron de la monarchie française et en 1655, est crée l’Intendance d’Alsace, qui entre en possession des documents de Brisach.

Les archives de la Province sont alors conservées dans deux salles voûtées de l'hôtel de l'Intendant, actuel hôtel de la préfecture, notamment sous l'égide de Jean-Daniel Papelier (1717-1806), ancien chancelier des comtes de Ribeaupierre. Papelier en dirige le classement, délivre des attestations et des copies conformes, s'occupe en liaison avec le commissaire Kau de l'extradition vers Strasbourg des documents conservés aux archives archiducales à Innsbruck en 1763.

A la même époque, les archives épiscopales strasbourgeoises sont conservées par l’abbé bénédictin Philipe-André Grandidier (1752-1787), archiviste de l’évêché, protégé du cardinal de Rohan et auteur de plusieurs ouvrages historiques, fruit de ses recherches au sein des collections dont il avait la garde.